Nadir Hastalıkların Tanısında Son Teknolojiler

Real time PCR
Real time PCR; infeksiyon testlerinde, hematoloji alanında oldukça kullanılan ve  PCR ürünlerinin miktarını eş zamanlı olarak ölçebilen bir sistemdir. Merkezimizde son teknoloji Real time PCR cihazları ile gen ekspresyon analizi, genotipleme, SNP analizi, kopya sayısı varyasyon analizi (CNV), DNA metilasyon analizi, CpG metilasyon analizi ve allel ayrımı gibi analizler yapılabilmektedir.
 
DNA Dizi Analizi
Belirli bir DNA dizisinde bulunan nükleotitlerin diziliminin belirlenmesi işlemidir. Mutasyon olarak adlandırılan ve hastalık yapıcı özelliği bulunan değişimlerin varlığı ve gen üzerindeki yeri tespit edilmektedir. Yeni cihazların gelişimesi ile birlikte dizi analizi kalitesi artmış ve işlem süresi kısalmıştır. Merkezimiz, 2017 yılında 14 farklı  Avrupa ülkesinden 57 laboratuvarın katıldığı DNA dizi analizi kalite kontrol programında  analiz ettiği tüm örneklerde üstün başarı elde ederek programda 2. olmuştur. 

Yeni Nesil DNA Dizi Analizi
DNA dizi analizi; yüksek kalitede baz dizileme olanağı ile genetik hastalıkların tanısında yaygın olarak kullanılan zincir sonlandırma yaklaşımına dayalı bir yöntemdir. Günümüzde kullanılan teknikler arasında halen altın standart olarak bilinmektedir.  Ancak, okuma uzunluğunun kısıtlı olması nedeniyle milyonlarca baz içeren genomun tamamını dizileme çalışmaları bu yöntemle oldukça zor olmakta ve uzun sürmektedir.
Yeni nesil dizileme (Next generation sequencing) sistemleri ile bir çalışmada tüm genom, transkriptom veya daha küçük hedef bölgelerdeki milyonlarca DNA fragmenti dizilenebilmektedir. NGS teknolojisinin Sanger dizileme yöntemi ile karşılaştırıldığında daha hızlı, daha az maliyetli ve yüksek verimli dizileme olanağına sahip olduğu görülmektedir. Bu yöntemle, insan genomunun yüksek verimlilikte dizilenmesi, hastalıklarla ilişkili genlerin ve regülatör elementlerin keşfedilmesini kolaylaştırmaktadır.


Tüm Ekzom Dizi Analizi
Tüm ekzom dizi analizi ile tüm genomun yaklaşık %1’ine (30Mb) denk gelen bölümü analiz edilmektedir. Kullanılan cihaz ve tekniğe göre değişmekle birlikte  bu analiz ile ortalama olarak hastalık yapıcı mutasyonların en az %85’i incelenebilmektedir. Genomun geri kalan diğer bölümleri hakkında bilgi sunulmamaktadır.

ACMG’e (American College of Medical Genetics and Genomics) göre Tüm Ekzom Dizi Analizi için Test Endikasyonları Nelerdir?

  • Aile öyküsünde veya fenotipik özelliklerinde güçlü bir şekilde genetik etiyolojinin varlığını gösteren ancak fenotipin hedef bir gendeki mutasyonlar nedeniyle oluşan spesifik bir bozukluk ile uyumlu olmayan hastalarda
  • Hastada net bir genetik hastalık tablosu mevcut; ancak yüksek düzeydeki  genetik  heterojenite nedeniyle birden fazla genin eş zamanlı olarak çalışılmasının daha pratik olduğu durumlarda 
  • Klinik fenotipin birçok hastalık ile örtüşmesi durumunda
  • Hastada olası bir genetik hastalık tablosu mevcut; ancak daha önce yaptırılan genetik analizler ile tanı konulamadığı durumlarda
  • Fetüsün olası bir genetik hastalık tablosu varlığında; spesifik genetik testler ile tanı konulamadığı durumlarda

Literatür önerilerine baktığımızda özellikle yüksek heterojen hastalıklarda WES kullanılması tavsiye edilmektedir. Olağan dışı veya atipik bulgular varlığında ya da olası bulguların bir arada görülmediği durumlarda hedef genetik analizler ile olguyu değerlendirmek zor olabilmektedir. Çünkü vaka aynı zamanda birden fazla hastalıktan etkilenmiş olabilmektedir. Bu gibi durumlarda tüm ekzom dizi analizi ile daha kolay kesin tanıya ulaşılabilmektedir.